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San Juan del Sur no solo es atractivo a los humanos. Tortugas del mundo eligen a la playa de La Flor, como uno de los pocos sitios para arribadas masivas, en la temporada de desove. La posibilidad de contemplar las arribadas masivas en la playa y el proceso de
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Navegar unas cuantas millas, permite observar el apareamiento de ballenas jorobadas, delfines y otros cetáceos, en temporada de verano.
En el San Juan y las playas aledañas se aprecian diversas especies de aves acuáticas, especialmente pelícanos, que cada día buscan
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Surfear en las diferentes playas de San Juan del Sur que se extienden a lo largo de 60 Km., es cada vez más común, luego que expertos brasileños calificaron excelentemente las olas de algunas playas del Pacífico de Nicaragua.
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Una de las actividades más llamativas de San Juan del Sur se experimenta mar adentro, después de las olas y de los veraneantes. Se trata de la práctica de pesca tradicional o pesca deportiva a pocas millas de la playa, donde es recomendable usar embarcaciones responsables.
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